River Plate
En el año 1996, Galdino Luraschi, el técnico de la Novena del club River Plate, fue a realizar pruebas en la localidad de Chivilcoy para ver a chicos que al año siguiente podrían integrar su división. Allí le pasaron el dato de un chico muy interesante de la zona de O’Brien. Era Fernando. No pudo asistir a la prueba porque se enfermó, pero fue citado para que fuera directamente al club para otra prueba. Ese día, jugó contra la prenovena del club, metió dos goles y quedó. Hasta fin de año, quedo en ir una vez por semana porque recién en el ‘97 pudo competir con la novena. Dicho año fue estupendo para él: debutó en un empate 1 a 1 con gol suyo sobre la hora frente a Boca Juniors, fue goleador del torneo y armó una gran sociedad con la Gata Fernández y el Malevo Ferreira. En las inferiores potenció las virtudes que ya tenía. Fernando se iba convirtiendo en un goleador serial, sin tirar a quemarropa, sin abusar de la potencia, con astucia, con el toque certero. En sus primeras tres temporadas completas en la novena, octava y séptima sumó 67 goles. En el 2000 dio su gran salto: repartía sus goles entre la sexta, la quinta y la reserva cuando a la edad de 16 años lo llamaron para entrenarse con la Primera.El 11 de febrero del 2001 con 17 años y cuatro meses de edad Fernando Cavenaghi debutó oficialmente en Primera en el partido en el que River Plate, dirigido por el Tolo Gallego, venció a Estudiantes por 6 a 2.
Su primer gol lo convirtió en la 7ma fecha del mismo torneo, de local en un 3 a 2 contra Argentinos. Volvió a bajar de categoría cuando asumió Ramón Díaz pero enseguida se reivindicó como goleador del equipo Sub-19 que logró la Copa Chivas en México. Meses más tarde, con apenas 18 años, Fernando disfrutaba por partida doble: Se proclamaba campeón de un torneo regular de Primera División junto a sus compañeros por primera vez en su corta y exitosa carrera deportiva, en el Clausura 2002, y goleador de dicho torneo con 15 tantos. Pese a lesionarse, en el torneo siguiente (el Apertura 2002) convirtió 7 goles.